Ioannes II kế vị phụ hoàng làm basileus nắm quyền trị vì vào năm 1118, nhưng từng được Alexios I phong là đồng hoàng đế ngày 1 tháng 9 năm 1092. Chính nhà biên niên sử Niketas Choniates đã kể lại những hành động mà Ioannes II đảm bảo thâu tóm được quyền hành trong tay. Alexios I bày tỏ ý muốn Ioannes lên kế vị mình cho con rể vừa là sủng thần của Eirene, Caesar Nikephoros Bryennios, chồng của công chúa Anna Komnene. Alexios đã phải cố tình che đậy nhằm tránh những lời chỉ trích của Eirene về sự lựa chọn này và việc bà thỉnh cầu Nikephoros nối ngôi. Lúc Alexios sắp sửa hấp hối tại Tu viện Mangana vào ngày 15 tháng 8 năm 1118, Ioannes đang kết giao với những thân hữu mà ông có thể tin tưởng được, trong số đó có cả huynh trưởng sebastokratōr Isaakios Komnenos, bọn họ đã lẻn vào tu viện và lấy trộm chiếc nhẫn khắc ấn hoàng đế từ người cha quá cố của mình. Sau đó, trang bị vũ khí, rồi ung dung cưỡi ngựa tới Đại điện, tập hợp sự ủng hộ từ những người dân tôn phò mình lên làm hoàng đế. Eirene quá đỗi bất ngờ đến mức chẳng còn cách nào khác ngoài việc thuyết phục con mình ngừng ngay hành động đó lại, hoặc xúi giục Nikephoros dấy binh chống đối. Mặc dù Cấm vệ quân lúc đầu từ chối thừa nhận Ioannes vì ông thiếu bằng chứng về di nguyện của tiên đế, đám đông vây quanh nài ép đến nỗi vị tân hoàng đế chỉ việc bước chân vào mà thôi.[6][7]

Alexios băng hà vào đêm hôm sau. Ioannes nhất quyết từ chối tham gia đám tang, bất chấp sự thúc giục của mẹ mình, vì việc nắm giữ quyền hành của ông rất mong manh. Tuy nhiên, khoảng vài ngày sau, địa vị của ông xem ra đã khá vững chắc. Vừa mới lên ngôi được một năm, Ioannes II bỗng dưng phát hiện ra một âm mưu lật đổ ông có dính dáng đến thái hậu và hoàng muội của mình. Chồng của Anna là Nikephoros có chút cảm thông với những tham vọng của vợ mình, và do thiếu sự ủng hộ của ông này mà âm mưu tiếm ngôi mới vỡ lở. Hoàng đế bèn ra lệnh tước đoạt tài sản của Anna và giao lại cho Ioannes Axouch trông coi. Axouch đã lễ phép từ chối và nhờ vào ảnh hưởng của ông mà tài sản của Anna cuối cùng mới được trả lại cho bà và cả hai anh em đã hòa giải được với nhau. Eirene rút về một tu viện sống cho tới cuối đời và Anna đành phải từ bỏ việc thao túng chính sự, khiến các sử gia tốn không biết bao nhiêu giấy mực để luận bàn. Tuy vậy, Nikephoros vẫn giữ mối quan hệ tốt đẹp với người anh rể.[8] Phòng trường hợp tiếm đoạt ngôi vị xảy ra trong tương lai mà Ioannes đã làm lễ đăng quang cho đứa con còn nhỏ tên Alexios làm đồng hoàng đế vào năm 1122.[9]